PHP Markdown は何度かバージョンアップされているので、P_BLOG にバンドルされてくる markdown.php は最新版ではありません。不具合の修正が入っているので、最新版に入れ替えてもよいかと思います。

include/user_include/plugins/plg_markdown_include/markdown.php にあるファイルを置き換えるだけです。

PHP Markdown の配布先には PHP Markdown 1.0.1d と PHP Markdown Extra 1.1 がありますが、互換性に不安があるならば基本的にバグフィックスである PHP Markdown 1.0.1d を使うのがよいでしょう。PHP Markdown Extra で解説されている付加機能を使いたい場合は、PHP Markdown Extra 1.1 を使います。

なお、PHP Markdown Extra を入れて表記が崩れる場合は、HTML に文法的な誤りがあると考えられます。タグの閉じ忘れ等があると、解釈がおかしくなるみたいです。Another HTML-lint などでチェックしてみましょう。

Markdown 記法についての日本語の解説は、2310::blog: Markdown文法の全訳 がよいでしょう。Markdown Extra については、Future is Now さんの訳があったのですが、しばらく前からドメインが失効してしまっているようで参照できないので、キャッシュを紹介しておきます。