バージョンアップしなくてもそんなに不都合はないかと思いますが、細かいバグやパフォーマンスの改善がされていますので、気が向いたら入れ替えてみて下さい。変更点はダウンロードしたファイルに同梱されている PHP Markdown Extra Readme.text に書かれています。

バージョンアップ方法は、単にファイルを差し替えればよいだけですが、P_BLOG での場合を過去に紹介してますので、参考にして下さい。